دفتر برنامه ریزی و توسعه تحت نظر رئیس سازمان، عهده دار وظایف کلیدی و مهمی در سازمان بوده که از اهم آنها می توان به موارد ذیل اشاره نمود:
تدوین برنامه های اقتصادی و چشم انداز فعالیت‌های سازمان براساس سیاستهای کلان سازمان و جهاد دانشگاهی- مديريت و راهبري امور مربوط به جمع بندی، تنظیم، تلفیق و تدوين برنامه هاي راهبردي و عملياتي سازمان
- برنامه ريزي و سياست‌گذاري در خصوص اعمال نظارت و ارزیابی عملكرد فعاليتها و برنامه هاي مصوب سازمان
- مديريت و نظارت بر برآورد منابع، بودجه و اعتبارات سالانه مورد نياز سازمان
- سیاستگذاری در خصوص توسعه اقتصادی و درآمدزايي و متنوع سازي روش های تامين منابع مالي سازمان با همکاری و مشارکت سایر معاونت ها
- جمع بندی و تدوین گزارشات تحلیلی و مدیریتی از برنامه ها و عملکرد مجموعه جهت ارائه به مقامات مافوق
- همكاري، مشاركت و حضور فعال در عرصه‌هاي تصميم‌سازي و تصميم‌گيري حوزه‌هاي كارآفريني و اشتغال كشور
- مشارکت و حضور فعال در جلسات و کمیته های تخصصی مرتبط داخلی و خارجی سازمان حسب نیاز
- ارائه طرح های دفاعیه از طرح ها و برنامه های سازمان در مراجع مربوطه
- انجام امور مرتبط با شعب و ایجاد هماهنگی بین ستاد و شعب
اين دفتر در حال حاضر از قسمت های زير تشكيل مي شود :
- قسمت برنامه‌ريزي و توسعه
- قسمت ارزيابي و نظارت
- قسمت هماهنگي امور شعب و مراكز
- قسمت پروژه‌يابي، امور حقوقي و قراردادها
- قسمت دبيرخانه شوراها